Penyelidikan di APM menumpukan perhatian kepada penyelidikan dalam bidang-bidang yang sedia ada dalam Pengajian Melayu, bahasa dan Linguistik Melayu, kebudayaan Melayu dan Kesusasteraan Melayu. Penyelidikan di APM turut memberi penekanan dan penerokaan beberapa bidang utama seperti Sejarah Alam Melayu, Politik dan Ekonomi Melayu, Pemikiran dan Falsafah Melayu, Kesenian Melayu, Pemodenan Masyarakat Melayu, Orang Melayu dalam Konteks Sains dan Teknologi, Agama dan Kepercayaan dalam Masyarakat Melayu, Pengajian Etnik dalam Dunia Melayu dan lain-lain.
